1. De restauratie van de kerk van 1994 tot 1998
In de jaren 1971 tot 1975 werd voornamelijk de buitenkant van de kerk gerestaureerd. In de jaren 1994 tot 1998 werd de restauratie van het interieur aangepakt. De bonte knaagkever had zich in de zeven balken genesteld, deze moesten vervangen worden. Spanten en een deel van de kapconstructie werden vernieuwd of hersteld. Er zaten scheuren in de binnenmuren en ook de pleisterlaag liet aan alle kanten los. Ook de inrichting moest onder handen genomen worden en er werden plannen gemaakt om in plaats van banken weer stoelen in het middenschip te plaatsen. Dat gaf tevens de mogelijkheid om het koorgedeelte als liturgisch centrum te gaan gebruiken. De gehele inrichting is dus ten opzichte van de restauratie van 1928 gedraaid. Al het meubilair is in feite verplaatst. Alleen het orgel is gebleven waar het was: aan de westmuur tegen de torenwand.
Het orgel is wel ingepakt geweest, maar is dusdanig vervuild geraakt dat een grote schoonmaak voor het orgel heel hard nodig is. De orgelbouwer Boogaard uit Rijssen heeft in twee dagen het orgel zo goed mogelijk bespeelbaar gemaakt. Windkanalen moesten geplakt worden. Een frontpijp had een fikse deuk opgelopen. Werkmensen hadden op de windkanalen gestaan, waardoor lekkage was opgetreden. Het gruis lag in de bekers van de tongwerken en nu nog zitten de orgelpijpen vol vuil. Ook het mechaniek werkt door al het vuil niet naar behoren.

Het vervuilde orgel in 1999 na de restauratie van de kerk.
2. De betimmering onder het orgel
Onder het orgel was in 1928 een houten betimmering gemaakt. Dit moest verdwijnen en zou weer stucwerk worden naar de situatie van voor 1924.
Dat gaf de mogelijkheid om de windlade aan de onderkant van het Hoofdwerk te inspecteren op lekkage. De orgelbouwer Boogaard uit Rijssen heeft de onderkant van de windlade opnieuw moeten beplakken met leer.

De onderzijde van het orgel opengelegd, een windkanaal links is zichtbaar.
3. De ingebruikneming van de kerk
De officiële ingebruikneming liet toch nog op zich wachten. De bedoeling was geweest om met kerst 1998 de kerk weer open te hebben. Helaas heeft het toch nog even geduurd voor dat de laatste loodjes waren gelegd. De officiële ingebruikneming vond plaats op vrijdag 12 februari 1999 om 16:00 uur. Na een welkomstwoord door ds. M. Hooymeijer, de predikant van de Samen-op-Weg gemeente Muiden, toespraken van achtereenvolgens: mevrouw M. Dingemans, namens de Rijksdienst voor Monumentenzorg; mr. J. Broekhuizen, namens de de Bouw- en Restauratiecommissie van de NHK en de heer W. Haakma Wagenaar, kunsthistoricus en restaurateur van de muurschilderingen speelde Koos Damman op het orgel Praeludium en fuga in F van Dietrich Buxtehude. Daarna weer toespraken van de heer H.A. Smith, Burgemeester der gemeente Muiden en de heer L. de Wilde, namens het College van Beheer van de Samen-op-Weg gemeente Muiden. Vervolgens kwam er een plechtig moment. Er volgden schriftlezing, klokgelui en orgelspel waarbij de vier variaties over Allein Gott in der Höh sei Ehr van Jan Pieterszoon Sweelinck op het orgel werden gespeeld, waarbij de tekst stond afgedrukt op het programma. Na afloop was er een drankje en een hapje. Zondag 14 februari 1999 was er weer voor het eerst kerkdienst in de gerestaureerde Grote of St. Nicolaaskerk van de Samen-op-Weg gemeente in Muiden.
4. Verdere plannen
Het orgel ziet er zo op het eerste gezicht redelijk uit. Een blik omhoog maakt duidelijk dat het vuil aan alle kanten nog op het orgel ligt. De bekroning, de ananas, ligt onder een grijze waas van stof en moet rechtgezet worden. Een aantal ornamenten van het orgel, die nog niet teruggeplaatst zijn, liggen los in de orgelkast. Ook in het orgel is alles bedekt met een fijne laag gruis van de bouw. Alle muren in de kerk waren afgebikt en voorzien van een nieuwe pleisterlaag. In de orgelkast ziet het wit van al het gruis dat op de pijpen, stokken en mechaniek ligt.

Aan alle kanten ligt het gruis op het pijpwerk, de laden en het mechaniek.
In januari 1996 werd mij door de kerkvoogdij opgedragen om offertes aan te vragen bij een drietal orgelbouwers voor het schoonmaken van het orgel na de restauratie. Gezien de omvang van de werkzaamheden bleek het raadzaam om ook de Rijksdienst voor Monumentenzorg in te schakelen. Plannen om een nieuwe restauratie te starten voor het behoud van het orgel zijn inmiddels gemaakt. De Rijksorgeladviseur, de heer Rudi van Straten heeft zijn medewerking toegezegd, drs. Wim Diepenhorst is daarbij als adviseur toegewezen. De offerte van de orgelbouwer is binnen. Het is te hopen dat het orgel op korte termijn weer in oude glorie mag klinken.

Het orgel ziet er op het eerste gezicht prima uit, de onderkant is nu in stucwerk uitgevoerd.
5. Koororgel
Al spoedig bij het begin van de plannen voor de restauratie in 1993 van de kerk kwamen aanbevelingen binnen om een koororgel te plaatsen in het koorgedeelte van de kerk. De toenmalige organist van de Singelkerk, de heer C. Verkuyl, heeft schriftelijk aan de restauratiecommissie medegedeeld daartoe het orgel uit de Singelkerk in de Grote of St. Nicolaaskerk te gaan gebruiken. Ook ds. H. Kroese schreef op 29 oktober 1993 aan de Restauratiecommissie: "Achter in het koor (daar waar nu een opslagruimte is) bevindt zich het liturgisch centrum, met daarop centraal een avondmaalstafel, links daarvan een katheder/kansel en aan de rechterkant staat een koororgel (misschien wel het van een nieuwe kast voorziene orgel uit de huidige gereformeerde [Singel-]kerk)". Het liturgisch centrum is gerealiseerd, alleen het koorogel (nog) niet.
Ruim een jaar later op 8 december 1994 werd door mij een schrijven gericht aan de Kerkvoogdij met betrekking tot het plaatsen van het koororgel. Daarbij werden drie mogelijkheden genoemd: A. Het (nieuw) laten bouwen van een instrument. B. Het orgel uit de Singelkerk over te plaatsen en aan te passen. C. Een tweedehands orgel aan te schaffen. In het evaluatie-rapport van de Commissie Herinrichting van 1 mei 1995 werd het idee van een koororgel vastgehouden: "eventueel denken we aan een tweede klein orgel in het koor".
Allereerst was mijn plan om een gecombineerde prijsopgaaf te vragen voor schoonmaak van het grote orgel en ombouw van het orgel uit de Singelkerk tot koororgel. Het traject had ik als volgt beredeneerd: Het grote orgel wordt eerst een tijd in gebruik genomen om te acclimatiseren aan de nieuwe omstandigheden. Daarna volgt de plaatsing van het koororgel. Vervolgens de schoonmaak van het grote orgel, waarbij het koororgel gebruikt kan worden voor de kerkdiensten.

Het gemaakte ontwerp voor het koororgel.
Van oorsprong is het orgel in de Singelkerk een Streichert-orgel. Het was indertijd gekocht in Urk (Eben Haëzerkerk) en opnieuw opgebouwd in Muiden onder leiding van de heer Jan Janssen. Om het orgel geschikt te maken tot koororgel voor de Grote of St. Nicolaaskerk zouden de windladen, het pijpwerk en een deel van de mechaniek gebruikt worden. Een nieuwe kas zou gebouwd worden, vervaardigd uit eerste klas eikenhout, volgens het gemaakte ontwerp (zie boven). Boven de frontpijpen wordt lofwerk aangebracht. Dit lofwerk kan in de kleur van het plafond gepatineerd worden, de kas wordt in de kleur van het overige meubilair van de kerk opgeleverd. In het profiel zal in de boven- en onderkas een vergulde bies worden gemaakt. De afmetingen van het koororgel zijn: hoog 328 cm., breed 220 cm., diep 165 cm., inclusief pedaalklavier en bank.
Het koororgel zal de volgende dispositie hebben, in totaal 10 stemmen:
Manuaal I (onderklavier), omvang C - g 3:
1. Holzgedackt 8', 2. Rohrflöte 4', 3. Terz 1 3/5' D., 4. Prinzipal 2', 5. Mixtur 2 fach (C: 1', 2/3', c 1: 1 1/3', 1').
Manuaal II (Bovenklavier), omvang C-g 3:
6. Metalgedackt 8', 7. Prinzipal 4', 8. Quinte 2 2/3' D., 9. Spitzflöte 2'.
Pedaal, omvang C - f 1:
10. Subbas 16' (nieuw te bouwen van fijndradig grenen).
Overige registers:
Koppel I + II, Koppel Pedaal + I, Koppel Pedaal + II, Tremulant.

Het te gebruiken pijpwerk voor het te plaatsen "koororgel".
Juist door het intieme karakter van het pijpwerk, zal het koororgel voldoen voor de begeleiding van de bestaande cantorij en kooruitvoeringen. Ook voor continuo-spel is het orgel door de mensurering van het pijpwerk bijzonder geschikt.
Het orgel heeft voldoende stemmen om ook de gemeentezang bij gelegenheid te kunnen begeleiden. Gedacht wordt daarbij aan "kleine diensten", zoals trouw- en rouwdiensten, vespers en bij wisselzang met cantorij en gemeente.
In de toekomst zal de kerkmuziek een belangrijke taak te vervullen hebben om de erediensten spankracht en invulling te geven. Het instrumentarium in de kerk is daarbij van het grootste belang, het wordt iedere zondag gebruikt.
Daarnaast is het uit cultureel oogpunt belangrijk dat het koororgel bij muziekuitvoeringen een rol kan spelen.
De orgelbespelingen die worden gehouden hebben tot doel bij te dragen in de kosten voor het koororgel. In 1999 is bij elkaar gespeeld een bedrag van f. 1.021,15, in 2000 een bedrag van f. 750,00, in 2001 een bedrag van f. 450,00, in 2002 Euro 302,19, in 2003 Euro 113,85.
6. Verkoop orgel Singelkerk in juni 2004
Helaas heeft het College van Beheer besloten om het orgel uit de Singelkerk in juni 2004 te verkopen. Daarmee is dus de kans verkeken om dit orgel te gebruiken als koororgel voor de Grote of St. Nicolaaskerk.
De lade van het tweede klavier van het orgel in de Singelkerk. Op de achergrond pijpwerk van de Pommer 16'.
Pijpwerk gereed voor vervoer. Op de achtergrond de geruisloze Meidinger windmotor.
Jan Janssen probeert de naar beneden gehaalde speeltafel. Dit is tevens de windlade van het Hoofdwerk.