De restauratie door de orgelmakers Gebr. Van Vulpen
Door de grote vervuiling van het orgel door de uitgebreide kerkrestauratie van 1994 tot 1998 werd het noodzakelijk om het orgel uit elkaar te halen en geheel te reviseren. De opdracht daartoe ging naar de orgelmakers Gebr. Van Vulpen in Utrecht.
In 2009 werd begonnen met het orgel te demonteren. Al het pijpwerk werd in Utrecht geïnventariseerd door Wim Diepenhorst van de rijksdienst voor het Culturele Erfgoed en Peter van Dijk als orgeladviseur namens de Protestantse Gemeente Muiden. Op grond van grafologisch onderzoek kwam de naam van Johannes Slegel III in beeld als bouwer van het orgel.
De restauratie omvatte voornamelijk een conserverend technisch herstel van alle onderdelen van het orgel. Ook de orgelbank uit 1835 werd weer in ere hersteld. Voor de windvoorziening werd gebruik gemaakt van een balgtoestel met twee spaanbalgen van Knipscheer uit Vreeland van 1852.
Na restauratie van de windladen en het terugplaatsen van het pijpwerk werd de winddruk bepaald op 76 mm. waterkolom. De evenredig zwevende stemming is aangebracht op advies van de adviseur. Al het pijpwerk is zorgvuldig nagelopen en zonodig hersteld en opnieuw geïntoneerd.
Op 14, 15 en 16 januari 2011 werd het orgel feestelijk in gebruik genomen met bespelingen door de organisten Wim Diepenhorst, Peter van Dijk en Koos Damman.
Balgtoestel met twee spaanbalgen van Knipscheer uit Vreeland (1852) geplaatst in de Grote of St. Nicolaaskerk te Muiden.
De speeltafel met de herstelde orgelbank in de Grote of St. Nicolaaskerk in Muiden.