Het oudste gedeelte van de huidige kerk is de scheefstaande ruim 28 meter hoge toren. De toren is geheel uit tufsteen opgetrokken. De toren stond in 1250 aan drie zijden vrij, met erachter een kerkje, eveneens in tufsteen uitgevoerd. Bij de vergroting van de kerk omstreeks 1425 trok men de zijbeuken door tot langs de toren, zodat deze alleen vanuit het westen geheel van buiten zichtbaar is. De Muider toren is interessant door de torentrans met haar kantelen en de vroegere Romaanse ingang. De toren is versierd met hoeklisenen. Een tweede rij rondbogen bevindt zich boven de dichtgemetselde vensters. De vier galmgaten werden in 1921/1928 gewijzigd en hebben nu weer een deelzuiltje.De lichtsleuf in de toren is vermoedelijk oorspronkelijk en diende als uitkijkpost over de Vechtmond. Er is aan de toren in de loop der eeuwen heel wat gewijzigd. Tussen de kantelen zaten vroeger vier wijzerplaten welke in de loop der tijd uit esthetisch oogpunt werden verwijderd.
Doorkijkje naar de kerk en toren in 1982, vanaf de dijk gezien.
Het interieur van de toren is de moeite waard om te bezichtigen. De zij-ingangen van de toren vanuit de de noord- en zuidbeuk zijn pas bij de vergroting van de kerk aangebracht. De oostelijke ingang naar de kerk werd dichtgemetseld. De architect Jan de Meyer had de leiding over de restauratie 1921/1928. Hij liet de zijdeuren in de toren maken in de vorm van de Amsterdamse school.
In de toren is op de begane grond een sarcofaagdeksel uit de 12de eeuw opgesteld die aan de torenvoet voor de Romaanse ingang in 1975 is opgegraven. De vorm is enigszins trapeziumvormig, van boven 60 cm. en van onder 54 cm. breed. De lengte is 145 cm., de dikte 12 cm. De deksel van rode zandsteen is versierd met een staafkruis met als basis een halfcirkelvormig onderstuk. Vlak boven en onder de armen van het kruis zijn in reliëf vier cirkelvormige versieringen aangebracht. Tevens liggen in de toren een aantal brokstukken en pinakels die vermoedelijk zijn overgebleven van de Romaanse kerk uit 1250.
In de muur is een sluitsteen bevestigd die vroeger de vier ribben van het kruisgewelf in de toren afsloot. Het is een voorstelling van het Lam Gods.
Links de uit rood zandsteen vervaardigde sarcofaagdeksel, rechts de vroegere sluitsteen die thans in de muur boven de kapstok zit gemetseld.
De eikenhouten wenteltrap is in 1926 gemaakt door de Amsterdamse schrijnwerker C. Visser.
Op ca. 6.25 m. staat een zeer fraai smeedijzeren uurwerk. Aan het uurwerk is veel zorg besteed. De profilering van de lijst, de vier zuilen en de versiering van enige spaken in de raderen getuigen daarvan. Op de voorzijde van het houten deel staat de volgende tekst: jakop lambertsz vierwerckmaker tot schermerhorn 1653. Vanuit de zijramen op deze verdieping kan men in de zijbeuken van de kerk kijken. Verder vindt men hier de windvoorziening voor het orgel en de toegangsdeur tot het orgel.
Op ca. 11.80 m. bereikt men een soort rommelzolder. Enige overgebleven lampen en een bord over de geschiedenis van de kerk hebben daar een plaats gevonden. Verder staat er de elektrische voorziening voor het luiden van de klokken. Via luiken die geopend kunnen worden kan men een adembenemende blik in de kerk werpen.
Op deze verdieping staat men ongeveer 16.80 m. hoog. Er bevindt zich een luik dat toegang geeft tot de zolder van de kerk, een ruimte tussen dakkap en kerkgewelf.
Op de zolders van de toren was er in 2003 een ware vliegenplaag. Hier een kijkje op de derde verdieping. De zolder ligt bezaaid met vliegen. Ook drongen zij door in de kerkruimte.
Hier bevinden zich de twee luidklokken in 1525 gegoten door Henrick de Borch. De kerk is oorspronkelijk gewijd aan de heilige Nicolaas en Catharina. De beide luidklokken getuigen daarvan. Het opschrift van de grootste klok met een diameter van 108 cm. luidt als volgt: Sancte niclaes is myn naem myn gheluit is voer god bequaem henricus de borch me fecit anno domini m ccccc xxv, de flanken zijn versierd met twee fraaie beeldjes van St. Nicolaas. De kleinere klok met een diameter van 98 cm. heeft als opschrift: Sancte katrina is myn naem myn gheluit is voer god bequaem henricus de borch me fecit anno domini m ccccc xxv.
De versiering op de klok met een handopleggende St. Nicolaas .
Vanaf deze hoogte, ca. 19.90 m., begint de torenspits welke bekroond wordt met een koperen bal en een haan. Een luik geeft toegang tot de kantelen.
De middeleeuwse kantelen van de toren van onderaf gezien.